Ende der 80er Jahre brachte eine Handvoll ambitionierter Meerschweinchenhalter den Stein ins Rollen und gründete im Juli 1987 die Interessengemeinschaft „Meerschweinchenfreunde Frankfurt“. Ihr Ziel war der aktive Erfahrungsaustausch unter den Mitgliedern in allen Bereichen der Meerschweinchenhaltung.

Bereits ein Jahr später, am 11. Juni 1988, folgte die Gründungsversammlung der „Meerschweinchenfreunde Deutschland e.V.“. Wenig später fand die erste Bundesdeutsche Meerschweinchenausstellung in Frankfurt am Main statt – mit rund 100 Ausstellungstieren und 500 begeisterten Besuchern. Die Siegertiere wurden damals noch von den Besuchern gewählt.

1992 wurde der Pflegestandard für Liebhabermeerschweinchen vorgestellt, und die erste gedruckte Ausgabe der „Meerschweinchen-News“ erschien. Nur ein Jahr später, bei der 6. Bundesdeutschen Meerschweinchenausstellung, wurden erstmals Rassemeerschweinchen nach einem offiziellen Rassestandard von niederländischen Preisrichtern des NKB/NCC bewertet.

Seit 1994 tragen die Meerschweinchenfreunde Deutschland e.V. offiziell den Titel „Bundesverband“ – als oberste Gliederung der Meerschweinchenfreunde in Deutschland. Dies eröffnete engagierten Mitgliedern die Möglichkeit, eigene Landes- und Bezirksverbände zu gründen. Den Anfang machte 1997 der Landesverband Nordrhein-Westfalen. Heute ist der MFD BD e.V. bundesweit vertreten.

Um auch international Einfluss zu nehmen, trat der Verband 1998 dem Europäischen Dachverband der Geflügel-, Tauben-, Vogel-, Kaninchen- und Caviazüchter (Entente Européenne) bei, erlangte 1999 Stimmrecht und ist seit 2008 offizieller Dachverband für die Sparte Cavia in Deutschland.